La commune a été créée sur les bases de l'oppidum gallo-romain de "Garum"2.
Mais sa configuration actuelle a été confiée en 1623 par le comte Godefroy d'Agenais à l'intendant Philippe Jimenoise, prieur du couvent des Augustins de Sainte-Livrade-sur-Lot. Son travail bien que peu apprécié remporta tout de même un franc succès auprès des Licopodes3. À noter qu'il fut aidé dans cette tâche par Émilie de Lacombe, duchesse de Brive-la-Gaillarde, qui faisait partie de la famille du seigneur de Sainte-Livrade-sur-Lot.
Philippe Jimenoise décédera quelques années plus tard (date toujours indéterminée) de la peste décimant une grande partie du village.
Des vestiges témoignent de la présence romaine et du saccage du village par les huguenots.
L'église de Pinel et l'ensemble du causse pinelois a été le lieu d'intenses batailles lors de la guerre de Cent Ans. En effet, lors de la rétrocession du territoire agenais au royaume anglais, ce qui n'était pas encore la commune de Pinel, était en la possession du couvent des augustins de Sainte-Livrade-sur-Lot. Ces derniers firent alors construire un oratoire consacré à saint Rodrigues, et fortifièrent l'ensemble du village, et ce grâce aux différentes carrières présentes dans les environs. Le gisement le plus important de Pipérazine (roche calcaire sédimentaire à stratification lente, donc plus résistante) est encore visible de nos jours et porte le nom de « carrière de Boregonde ». De ces fortifications il ne reste malheureusement plus rien aujourd'hui, seul subsiste l'oratoire, bien qu'il soit englobé dans l'église actuelle. La niche d'adoration contenait les reliques du saint patron, sur le mur est du chœur. Cette position stratégique sera prise et reprise force fois par les troupes anglaises et françaises et ce au prix d'intenses combats, qui ont altéré les bâtis militaires malgré une construction de manufacture excellente.