elle était autrefois contenue dans l'ancienne vicomté du Bruilhois. Cette vicomté, après avoir appartenu aux seigneurs de Xantrailles, passa en 1555, aux mains des rois de Navarre. Les rois de France, après Henri IV, seront vicomtes du Bruilhois jusqu'en 1789.
À l'origine Monteschivum (1162), l'étymologie est simple si on lit Mont-Esquieu. Ce dernier mot, de l'ancien occitan esquiu, signifie difficile, sauvage ou montagneux. Ce nom décrit bien la situation isolée de Montesquieu sur le coteau difficile d'accès.Les Coutumes de Montesquieu datent de 1349. Le château de Montesquieu, construit à l'époque féodale, sur un éperon rocheux dominant la vallée de la Garonne, rappelle par son plan général, celui de Bonaguil: Il a la forme de nef ancrée sur les rochers, domine la route par sa proue et s'étend à l'arrière sur le plateau. Au cours des siècles, le château de Montesquieu a connu l'occupation des Anglais, les pillages, les guerres de religion...
Le village de Montesquieu a donné son nom à l'écrivain Montesquieu. Montesquieu (1689-1755), plus exactement Charles Louis de Secondat de Montesquieu, est issu paternellement d'une grande famille Agenaise, les Secondat, originaires du Berry, qui se sont installés au XVe siècle en Agenais, puis au service des Albret.
C'est Jeanne d'Albret qui,"pour ses bons et loyaux services", donne les Terres de Montesquieu à Jean de Secondat, qui devient ainsi Seigneur de Montesquieu, en octobre 1564. Et c'est Henri IV qui, en février 1606, érige en Baronnie les Terres de Montesquieu, pour Jacob, fils de Jean. Celui-ci, Seigneur Baron de Montesquieu, n'est autre que l'arrière-grand-père de l'illustre Montesquieu.