Avant la Révolution de 1789, Le Passage était composé de deux districts, celui de Dolmayrac, reconnaissable à son église, qui surplombait le flanc nord de la Garonne, et l'autre district de Monbusq, situé en contrebas, était un simple point de passage pour les voyageurs en provenance du nord qui voulaient traverser la Garonne, par la Passerelle ou le pont-canal d'Agen. Le hameau depuis le Moyen Âge était ainsi, un simple point de transit pour les voyageurs. C'est de la d'où vient sont nom.
Église Saint Joseph
Les deux districts se rassemblent vers 1795 (après la loi du 21 fructidor), et se détachent de la tutelle d'Agen, qui administré la ville sur tous les points. La commune restera d'ailleurs pendant près de deux siècles connue sous le nom inexact de Le Passage d'Agen, ce qui explique qu'aujourd'hui peu de cartes la représentent en tant qu'entité autonome.
Au XIXe siècle, la seule ressource économique est la rente de la Passerelle qui est payante, la commune se développe peu. Mais au XXe siècle, l'essor d'Agen va être bénéfique au Passage. Le développement démographique d'Agen va en effet permettre l'expansion du Passage, qui va devenir une ville périphérique importante. Aujourd'hui, Le Passage compte un peu moins de 10 000 habitants, et s'impose comme la quatrième ville du département, de population, après Agen, Marmande et Villeneuve-sur-Lot.
Aujourd'hui, la ville est développée et propose à ses habitants beaucoup de services, bien sûr des établissements scolaires, mais aussi l'Aéroport Agen-La Garenne, un hippodrome de la Garenne, une bibliothèque, un complexe sportif et culturel. Certains de ses édifices sont classés monuments historiques, comme le Pont de pierre d'Agen (édifié sous Napoléon), le pont-canal d'Agen (il en existe trois de ce type en France) ou la Passerelle (récemment rénovée).