Au temps préhistoriques, dans la région couverte de forêts, il y a eu certainement un habitat humain. Mais en l'absence de témoignages irréfutables, on en est réduit à de simples hypothèses.
Durant la période Gallo romaine, le territoire de Cancon faisit parti du Royaume des Nitiobroges. Après les campagnes de Jules César, les 500 ans de la Pax Romana, les Invasions barbares, celles des Arabes et des Normands, après les règnes de Charlemagne et les luttes féodales, aurait été établi à Cancon, sur l'escarpement rocheux, un château datant du XIe siècle. Au début du XIIIe siècle, Cancon appartenait aux Madaillan et son premier seigneur connu serait Pons-Amanieu. Le seigneur de Cancon répondit à l'appel d'Édouard II qui avait demandé à ses vassaux de Guyenne de le seconder durant les Guerres d'indépendance de l'Écosse.
Au XVIe siècle le protestantisme ne pénétra guère dans les remparts de Cancon.
En juin 1652, la Peste fit son apparition à Cancon dans une ville surpeuplée. En quelques mois, on enregistra plus de cent décès. La peste éloigna de Cancon les Frondeurs (de la Fronde) ainsi que les troupes royales.
Après la Révolution de 1789, on avait élu la première municipalité révolutionnaire avec Antoine Courborieu, premier maire.